La Alta Edad Media fue un periodo de profundas transformaciones para la Iglesia y para el papado. Tras la desaparición del Imperio romano de Occidente, Roma tuvo que desenvolverse en un escenario político fragmentado, marcado por la presencia del Imperio bizantino, el avance de los pueblos germánicos y, posteriormente, el nacimiento y consolidación de nuevos reinos cristianos en Europa.
Durante estos siglos, los Papas no tuvieron únicamente que afrontar cuestiones doctrinales y pastorales. Con frecuencia debieron actuar también como mediadores, diplomáticos y defensores de Roma ante las amenazas militares y las disputas entre las distintas potencias de su tiempo.
La relación con Constantinopla fue especialmente importante durante los primeros siglos de esta etapa. Las controversias cristológicas, las intervenciones de los emperadores bizantinos en los asuntos eclesiásticos y cuestiones como la crisis iconoclasta fueron alejando progresivamente a Oriente y Occidente.
Al mismo tiempo, el papado fue estrechando sus vínculos con los francos. Esta relación tendría una enorme trascendencia histórica: favoreció el nacimiento de los Estados Pontificios y alcanzó uno de sus momentos más significativos con la coronación de Carlomagno como emperador por el papa León III en el año 800.
Los siglos IX y X fueron especialmente difíciles. Las luchas entre familias nobles romanas, las intervenciones de reyes y emperadores y las disputas por la elección pontificia provocaron periodos de fuerte inestabilidad. Algunos pontificados fueron extraordinariamente breves y otros estuvieron rodeados de enfrentamientos y controversias.
Sin embargo, incluso en medio de estas dificultades, la Iglesia continuó desarrollando su misión evangelizadora y extendiéndose por Europa. Los monasterios se convirtieron en importantes centros de espiritualidad, cultura y conservación del conocimiento, mientras nuevas tierras y pueblos recibían el anuncio del Evangelio.
Al llegar al siglo XI comenzaron a cobrar fuerza los movimientos que buscaban una profunda renovación de la Iglesia y una mayor independencia del papado frente al poder político. Los últimos pontificados de esta etapa, especialmente el de León IX, anticiparon las grandes reformas que marcarían el periodo siguiente.
Desde Sabiniano hasta Víctor II, esta época muestra así un papado que atravesó momentos de esplendor y de profunda crisis, pero que fue transformándose lentamente hasta preparar el camino para la gran reforma eclesial de la segunda mitad del siglo XI.
65 Sabiniano
69 Bonifacio V
70 Honorio I
71 Severino
72 Juan IV
73 Teodoro I
74 San Martín I
77 Adeodato II
78 Dono
79 San Agatón
80 San León II
82 Juan V
83 Conón
84 San Sergio I
85 Juan VI
86 Juan VII
87 Sisinnio
88 Constantino
91 San Zacarías
92 Esteban II
93 San Pablo I
94 Esteban III
95 Adriano I
96 San León III
97 Esteban IV
99 Eugenio II
100 Valentín
101 Gregorio IV
102 Sergio II
103 San León IV
104 Benedicto III
105 Nicolás I
106 Adriano II
107 Juan VIII
108 Marino I
109 San Adriano III
110 Esteban V
111 Formoso
112 Bonifacio VI
113 Esteban VI
114 Romano
115 Teodoro II
116 Juan IX
117 Benedicto IV
118 León V
119 Sergio III
120 Anastasio III
121 Landón
122 Juan X
123 León VI
124 Esteban VII
125 Juan XI
126 León VII
127 Esteban VIII
128 Marino II
129 Agapito II
130 Juan XII
131 León VIII
132 Benedicto V
133 Juan XIII
134 Benedicto VI
135 Benedicto VII
136 Juan XIV
137 Juan XV
138 Gregorio V
139 Silvestre II
140 Juan XVII
141 Juan XVIII
142 Sergio IV
143 Benedicto VIII
144 Juan XIX
145 Benedicto IX — primer pontificado
146 Silvestre III
147 Benedicto IX — segundo pontificado
148 Gregorio VI
149 Clemente II
150 Benedicto IX — tercer pontificado
151 Dámaso II
152 León IX
153 Víctor II